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北京亲子鉴定医院以小卫星的核心序列作为探针，在特定的杂交条件下可与多个小卫星VNTR序列形成杂交，可同时检测出多个靶VNTR座位的等位基因，理论上可以获得多至100个小卫星座位的多态性信息．北京亲子鉴定医院这个特征是多基幽座DNA探针RFLP分析的理论基础。
(3)小卫星核心序列的G/C含量与碱基序列和大肠杆菌的X序列(chi-like-sequence)类似。研究证实，X序列是原核生物基因组DNA的重组信号。以小卫星的核心序列为探针，与减数分裂中期人染色体杂交，显示H|杂交信号主要集中在常染色体着丝点及其附近区域，正处于常染色体发生交换的部位。有理由认为，小卫星重复单位是人类基因组DNA序列的重组热点。目前，在人基因组中发现的小卫星DNA有3000多个。
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