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北京亲子鉴定基因组DNA被限制酶完全消化后，被切断成无数长度不同的特异性片段。北京亲子鉴定据粗略估计，基因组DNA被限制酶完全消化后，大约可形成2500万条不同长度的片段。采用电泳技术可将所有酶切片段按照长度大小分离，从而能够检测其中的靶片段。
DNA分子具有两性电解质的性质．pH8. 0-8.3，DNA分子带负电荷，在电场的作用下向正极移动。在同一电场强度下，DNA片段长度与片段的迁移率成反比，因此，酶解的DNA分子可以从大到小在凝胶板上分离。DNA指纹分析检测的片段长度集中在3.0—23. Okb范围内，采用0.6%～0.8%琼脂糖凝胶作电泳介质。凝胶缓冲波多选用0. 04mol/L pl-18．O的Tris-醋酸缓冲液(TAE)。酶解DNA与载样缓冲液混匀后负极侧加样，恒压5V/cm场强条件，电泳时间24-48小时。
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